Важным аспектом развития и функционирования ОАО «Аммофос» является работа в сфере охраны окружающей среды. Система экологического управления на предприятии является составной частью общей системы административного управления. На заводе действует программа «Экология», предусматривающая количественные и качественные показатели снижения влияния деятельности предприятия на окружающую среду, уменьшения потребления природных ресурсов. Ежегодно на эксплуатацию и реконструкцию природоохранных объектов тратится более 400 миллионов рублей.